In navolging van Gold en Silver is nu ook een Pokémon Crystal VGC-uitgave aangekondigd. Vanaf 26 januari kunnen bezitters van de Nintendo 3DS de game downloaden en zal er ook een fysieke uitgave in gelimiteerde oplage verschijnen. Vangsten uit de Pokémon Crystal VGC-versie kunnen hierbij direct worden overgezet naar Ultra Sun en Ultra Moon.
Vanaf de dag van de lancering is Pokémon Crystal meteen compatibel met Pokémon Bank, een betaalde dienst die spelers Pokémon uit klassieke Pokémon-games laat overzetten naar de nieuwste games in de serie. Nu Pokémon Crystal ook aan deze dienst is toegevoegd, kunnen spelers Pokémon uit alle hoofddelen in de serie overzetten naar Pokémon Ultra Sun en Pokémon Ultra Moon.
De game is identiek aan het origineel, maar bevat wel een extraatje dat voorheen alleen via events beschikbaar was. Na het voltooien van het verhaal is het namelijk mogelijk om de mythische Pokémon Celebi te vangen:
In deze versie van Pokémon Crystal, krijgen spelers de kans om de mythische Pokémon Celebi te vinden tijdens een evenement dat plaatsvindt na het voltooien van het verhaal. In de originele versie van Pokémon Crystal was Celebi alleen te krijgen met behulp van een speciaal accessoire.
