Volgens Rockman Corner is er een deel van de Mega Man Legacy Collection 2 Nintendo 3DS-code in de game gevonden. Ondanks dat de eerste collectie wel op de handheld van Nintendo uitkwam, bleef het tweede deel beperkt tot de PlayStation 4, Xbox One en pc.
Een geïnteresseerde speler is in de code van de pc-versie gedoken en heeft daar informatie gevonden waaruit blijkt dat er wel degelijk een Nintendo 3DS-versie in ontwikkeling is geweest. Het kan natuurlijk zijn dat er nog steeds een 3DS versie in ontwikkeling is, of dat deze al op een eerder tijdstip is geannuleerd.
De informatie die de speler heeft gevonden verwijst naar de slaapmodus van de Nintendo handhelds en het gebruik van een SD-kaart. Ook is er een hele map in de bestandsstructuur met de naam 3DS. Tot slot is er ook code gevonden duidelijk maken dat er ooit een multiplayer-modus in ontwikkeling was voor de 3DS-versie van het spel.
